Otterndorf liegt direkt an einem wichtigen Wasserschifffahrtsweg. Die Schiffe von und nach Hamburg fahren unweit am Otterndorfer Elbufer vorbei. An Otterndorf fahren die größten Kreuzfahrtschiffe wie z.B. die Queen Mary II oder die AIDA-Schiffe, Tanker und Containerschiffe bis zu 400m Länge vorbei.
Von den Strandkörben am Deich, den festen Ferngläsern auf dem Deich oder einfach vom Watt aus lassen sich die vorbeifahrenden Schiffe auf der Elbe beobachten.
Verklappungsschiffe
Zu sehen bekommt man auch die Verklappungsschiffe der Elbvertiefung, die einen großen Beitrag zur Zerstörung der Elbe beitragen. Diese schleppen teils giftige Bereiche vor Hamburg direkt zur Elbmündung, die dann ins Wasser gelassen werden. Dabei erhalten die Meeresbewohner weniger Luft und sterben daran. Die Belastung der Meeresbewohner durch die Elbvertiefung ist zwar noch nicht bewiesen, aber durchaus mehr als wahrscheinlich.